Larrea tridentata là loài thực vật chiếm đa số ở hoang mạc Chihuahua. Các loài khác được tìm thấy phụ thuộc vào các yếu tố như đất, độ cao và độ dốc. Ngoài Larrea tridentata thì còn có Acacia neovernicosa, và Flourensia cernua là hai loài chiếm ưu thế trong phần phía bắc của hoang mạc. Loài Yucca và Xương rồng Opuntia có nhiều ở khu vực trung tâm, trong khi Xương rồng cầu vồng Arizona (Echinocereus polyacanthus) và Xương rồng lửa Mexico (Ferocactus pilosus) sinh sống ở phần phía nam.

Cây thân thảo như Bouteloua gracilis, B. breviseta, B. hirsuta là những loài chiếm ưu thế tại khu vực gần dãy Sierra Madre Occidental. Trong khi đó, những loài như Agave lechuguilla, Prosopis glandulosa, Opuntia macrocentra và Echinocereus pectinatus lại chiếm ưu thế ở phía tây Coahuila. Cordia boissieri, Fouquieria splendens, Agave lechuguilla, và Yucca filifera là loài phổ biến nhất ở phía đông nam của hoang mạc mạc. Euphorbia antisyphilitica, Mimosa zygophylla, Acacia glandulifera và Agave lechuguilla được tìm thấy trong khu vực đất nông, dễ thoát nước. Các bụi cây tìm thấy gần dãy Sierra Madre Oriental là những loài không được tìm thấy ở bất cứ đâu khác như Agave lechuguilla, Hechtia glomerata, Agave victoriae-reginae, Dasylirion, và Helietta parvifolia. Các loài cây phát triển tốt nhất bao gồm cây họ đậu và xương rồng.

Đồng cỏ chiếm 20 % hoang mạc này và thường là sự pha trộn của cây bụi và cỏ, bao gồm Aristida purpurea, Bouteloua eriopoda, Bouteloua curtipendula. Những cuộc thám hiểm ban đầu của người Tây Ban Nha theo ghi chép là đã gặp phải loài cỏ " cao đến bụng một con ngựa", rất có thể đây là Sporobolus wrightii và Pleuraphis mutica [3].